Contents

• Contents
• List of Figures
• Bibliography
• Johdanto
  • Katsaus dokumenttiin
  • Terminologiaa
• Projektin tausta
  • Makromolekyylikompleksien rekonstruointi
  • Mallin tarkentamiseen perustuva rekonstruointi
  • Orientointijärjestelmä rekonstruointijärjestelmän osana
• Järjestelmän yleiskuvaus
• Määrittelydokumentti ja siihen tehdyt muutokset
  • Muutokset suorituskykyvaatimuksiin
    • Keskusmuisti
    • Suorituskyky
• Arkkitehtuurin kuvaus
  • Järjestelmän toimintaperiaate
    • Projisointi
    • Vertailu
  • Moduulit ja niiden väliset suhteet
    • Moduulihierarkia
    • Projisoija
    • Vertailija
    • Kuvankäsittelijä
    • Tiedostonkäsittelijä
    • Konfiguraatiomoduuli
    • Hajautus
    • Sekalaisia apufunktioita
    • Pääohjelma
• Tietorakenteet
  • Kuvan esitysmuoto muistissa
  • Orientaation esitys
  • Viestirakenteet
• Algoritmit
  • Interpolointialgoritmit
    • Lähimpään naapuriin pyöristys
    • Lineaarinen interpolointi
    • Sinc-interpolointi
  • Projisointialgoritmit
    • Projektioiden laskeminen suoraviivaisesti
    • Projektioiden laskeminen Fourier-avaruuden kautta
  • Vertailualgoritmit
    • Rotaatioinvariantit vertailualgoritmit
• Hajautus
  • Hajautusstrategiat
    • Laskennan hajauttaminen Beowulf-klusterissa
    • Mahdolliset hajautusstrategiat
  • Hajautuksen toteutus
    • Orientointijärjestelmän hajautusstrategia
    • Laskennan etenemisen hallinta
    • Ei-blokkaava lähetys
    • Synkroninen viestinvälitys
    • Tiedonkulku orientointijärjestelmän sisällä
  • Vikasietoisuus
    • Virhetilanteiden havaitseminen
    • Pullonkaulojen havaitseminen
    • Laskennan valvonta
• Käyttöliittymä
  • Yleiskuvaus
  • Konfiguraatiotiedosto
    • Yleiskuvaus
    • Konfiguraatiotiedoston rakenne
  • Käyttöliittymän muut osat
    • Komentoriviparametrit
    • Syötetiedostot
    • Tulostiedostot
    • Ajonaikaiset näppäimistökomennot
    • mpich:n monitorointityökalut
• Rajoitukset toteutukselle
  • Noudatettavat standardit
  • Ohjelmointikielet ja käyttöjärjestelmät
  • Muut tarvittavat apuohjelmistot
  • Arvio toteutuksen koosta ja ohjelmointityyli
• Testaus
  • Käytettävät testausmenetelmät
    • White-box testaus
    • Black-box testaus
  • Järjestelmän testaus
    • Tulosten oikeellisuus
    • Vikasietoisuus
    • Suorituskyky
  • Testaustyökalut
    • Tulosten visualisoija
• Suorituskykylaskelmia