Orientointijärjestelmä rekonstruointijärjestelmän osana

Orientointijärjestelmän tehtävänä on selvittää syötteenään saamiensa elektronimikroskooppikuvan palasien sisältämien partikkeleiden orientaatio annettuun kolmiulotteiseen malliin nähden. Orientaatio selvitetään laskemalla mallista projektioita eri kulmissa ja vertailemalla niitä partikkeleihin. Vertailuilla määritetään partikkeliin sopiva projektio, eli orientaatio pallokoordinaatistossa. Koska partikkelien kuvissa esiintyy paljon kohinaa ja malli ei välttämättä ole kovinkaan tarkka, orientointijärjestelmä tuottaa partikkeleille useita sopivimpia orientaatiovaihtoehtoja, sekä hyvyysinformaatiota ilmoittaakseen kuinka hyvin kyseinen orientaatio sopii partikkeliin (jonkin mitan mukaan).

Orientaatiojärjestelmän avulla voidaan mallin muodostavien partikkeleiden orientaatiota tarkentaa, jolloin niiden pohjalta voidaan laskea uusi tarkempi malli. Virheellisten orientaatioiden merkitystä pyritään vähentämään käyttämällä riittävän paljon partikkeleita laskennan pohjana. Tällöin tarkan orientaation määrittäminen on hankalaa, sillä orientaation laskeminen on raskasta ja tarkan orientaation selvittämiseksi projektioiden muodostuksessa tulee olla riittävän pieni kulma-askel, joten tuloksien saamiseen järkevässä ajassa vaati paljon laskentatehoa. Suuren laskentatehon käytön vuoksi on laskenta järkevää hajauttaa usean eri koneen laskettavaksi [#!bpws!#].