Pullonkaulojen havaitseminen

Beowulf-klusterissa, jossa järjestelmää suoritetaan, on useita suorituskyvyltään vaihtelevia koneita. Lisäksi, jos orientointijärjestelmä on huonosti konfiguroitu, voidaan kuormittaa joitakin koneita huomattavasti enemmän kuin muita koneita. Tämän vuoksi laskennan etenemistä pitää kyetä valvomaan, jotta kyettäisiin tarvittaessa tasapainottamaan laskentaa. Tasapainotus tapahtuu käytännössä siten, että käyttäjä keskeyttää järjestelmän suorituksen, tarkentaa järjestelmän konfiguraatiota ja käynnistää keskeytyneestä kohdasta laskennan uudestaan. Laskennan uudelleenkonfiguroinnilla pystytään vaikuttamaan vertailuoperaatioden (eli kuinka monta elektronimikroskooppikuvaa prosessilla on) tai tuotettavien projektioden määrään yhdellä prosessilla, sekä millä koneella prosessit suoritetaan (sijoitetaan hitaammalle koneelle kevyempi kuorma).