Järjestelmän toiminnan perusidea on seuraava: kolmiulotteisesta mallista lasketaan ensin projektioita eri suunnista. Sitten kutakin orientoitavaa elektronimikroskooppikuvaa verrataan jokaiseen laskettuun projektioon. Tulosteenaan järjestelmä palauttaa jokaista orientoitavaa elektronimikroskooppikuvaa kohden listan niistä suunnista, joista lasketut projektiot parhaiten sopivat orientoitavaan kuvaan. Lisäksi järjestelmä tulostaa hyvyysinformaatiota, joka kuvaa sitä kuinka hyvin mallin projektiot ja elektronimikroskooppikuvat sopivat toisiinsa. Orientaation löytämiseksi järjestelmän on siis vain laskettava mallin projektiot kaikista eri suunnista, verrattava orientoitavaa kuvaa kuhunkin projektioon ja palautettava ne suunnat, joista otetut projektiot käytetyn vertailumenetelmän mielessä vastaavat parhaiten orientoitavaa elektronimikroskooppikuvaa.
Valitettavasti edellä kuvatun menetelmän toteuttaminen käytännössä on hankalaa. Ensinnäkään mallista ei edes periaatteessa voi laskea projektioita kaikista suunnista, sillä suuntia on äärettömän monta. Toisekseen orientoitavien kuvien ja projektioiden vertailu ei ole aivan yksinkertaista, muun muassa siksi, että elektronimikroskooppikuvissa on erittäin paljon kohinaa.
Järjestelmälle on asetettu suorituskykyvaatimuksia, joiden täyttämiseksi laskenta hajautetaan ryhmän käytössä olevaan Beowulf-klusteriin. Hajautuksesta on kerrottu tarkemmin luvussa 8.1.
Seuraavissa aliluvuissa esitellään lyhyesti järjestelmän tärkeimpiä toimintoja, projisointia ja vertailua.