Edellämainituin perustein järjestelmän käyttöliittymä on päätetty toteuttaa konfiguraatiotiedostopohjaisena. Järjestelmä lukee siis laskentansa alkuvaiheessa komentoriviparametrin avulla nimetyn konfiguraatiotiedoston, jonka sisältämien komentojen perusteilla laskentaa jatketaan. Konfiguraatiotiedoston lisäksi järjestelmän toimintaa ohjataan erilaisin syötetiedostoin sekä ajonaikaisin näppäimistökomennoin. Laskennan tulokset talletetaan tulostiedostoihin.
Tässä luvussa esitellään konfiguraatiotiedoston sekä syöte- ja tulostiedostojen rakenne, komentoriviparametrit ja rinnakkaistamisen seurantaan käytettävät mpich:n monitorointityökalut.