Terminologiaa

Seuraavassa on esitetty tässä dokumentissa yleisesti käytettyä terminologiaa ja käsitteistöä:

makromolekyylikompleksi

Makromolekyyleistä koostuva partikkeli, esimerkiksi virus

elektronimikroskooppikuva

Elektronimikroskoopilla otetusta kuvasta poimittu pala, jossa on yhden makromolekyylikompleksin kuva

pizza

Ks. elektronimikroskooppikuva

kolmiulotteinen malli

Kolmiulotteinen tiheyskartta, jonka perusteella elektronimikroskooppikuvien orientointi tapahtuu

projisointi

Kolmiulotteisen mallin läpivalaisun simulointi.

projektio

Projisoinnin tuloksena saatu mallin läpivalaisukuva

MRC

Tiedostoformaatti, jossa elektronimikroskooppikuvat ja mallit ovat [#!mrc!#]

PGM

Kuvankäsittelyohjelmien ymmärtämä tiedostoformaatti, jota käytetään esim. testattaessa erilaisten suotimien vaikutusta elektronimikroskooppikuviin

suunta

Mallin katselusuunta kolmiulotteisessa avaruudessa

kulma

Ks. suunta, myös kaksiulotteisten kuvien välinen kiertokulma

orientaatio

suunnan esitystapa kolmiulotteisessa avaruudessa, katso 6.2

hyvyysinformaatio

Vertailun onnistumista kuvaavaa tietoa, jonka tarkempi tulkinta riippuu käytettävästä vertailualgoritmista

MPI

Message Passing Interface, rinnakkaisuuden hallintaan käytetty kirjasto [#!mpi!#,#!mpi-forum!#]

mpich

Projektin käyttämä vapaa MPI-toteutus, vastaa lähinnä MPI-standardia 1.2

MPE

MPI Extension -kirjasto, käytetään järjestelmän monitoroinnissa [#!mpe!#]

FFTW

Fastest Fourier Transform in the West, Fourier-muunnosten laskemiseen käytetty kirjasto [#!fftw!#]

klusteri

Erillisistä tietokoneista koottu tehokas rinnakkaislaskentayksikkö

Beowulf-klusteri

Linux-työasemista koottu klusteri [#!beowulf!#,#!pcl!#]

Perl

Practical Extraction and Report Language, konfiguraatiotiedostossa käytetty ohjelmointikieli [#!perl!#]

C

Ohjelmointikieli, jolla järjestelmä pääasiassa toteutetaan [#!ansi-c!#,#!kr-c!#]

SISD

Single Instructions, Single data, kaikkein perinteisin tietokoneen malli, jossa yhdellä prosessorilla on oma yksityinen muistiavaruutensa [#!cs!#]

DM-MIMD

Distributed Memory - Multiple Instructions Multiple Data, malli, joka sopii kuvaamaan työasemaklusterin rinnakkaisuutta, vaihtoehtoisesti NUMA (Non Uniform Memory Access) [#!cs!#]

SIMD

Single Instructions Multiple Data, eri prosessorit ajavat samaa ohjelmaa ns. 'lock-step' tyylillä. Tämä tarkoittaa, että prosessorit suorittavat samat konekieliset käskyt siten, että jokainen käsky suoritetaan kullakin prosessorilla samalla hetkellä [#!cs!#]

ei-blokkaava lähetys

lähetysoperaatio tapahtuu samanaikaisesti muun ohjelman suorituksen kanssa, katso luku 8.2.3

synkroninen viestinvälitys

Lähettäjä ei aloita lähetystä ennen kuin vastaanottaja on ilmoittanut valmiutensa, katso luku 8.2.4

white-box -testaus

algoritmin testaus kaikilla suorituspoluilla, katso luku

black-box -testaus

järjestelmän testaaminen aineistolla, josta saatavat tulokset tiedetään, kaso