Tutkimusprojektit

Discovery-tutkimusryhmä: tiedon ja linkkien louhinta

Biotietokantojen louhinta - Mining of biological databases (Biomine)

Ajankohta: 3/2005-12/2007
Tutkijat: Hannu Toivonen, Petteri Sevon, Lauri Eronen, Petteri Hintsanen, Kimmo Kulovesi
Rahoitus: Tekes, Jurilab, Biocomputing Platforms, GeneOS (yhteistyökumppaneina lisäksi HY:n lääketieteellisen genetiikan laitos, Karolinska institutet, Ruotsi, VTT biotekniikka ja CSC)

Projektissa kehitetään menetelmiä ja työkaluja tiedon etsimiseen julkisista biotietokannoista. Hakukoneen avulla biotieteilijät voivat rikastaa omia aineistojaan, löytää epäilmeisiä yhteyksiä ja analogioita julkisiin tietokantoihin ja kohdentaa resurssejaan lupaavimpiin jatkotutkimuskohteisiin. Ensisijaisena sovelluskohteena on geenikartoituksessa löydettyjen kandidaattigeenien tarkempi analysointi. Projektissa on tutkittu biologisen tiedon esittämistä verkkona, jonka solmut edustavat erityyppisiä käsitteitä (esim. geenejä, proteiineja, kudoksia, fenotyyppejä, solun osia) ja kaaret niiden välisiä yhteyksiä (esim. geenitietokannassa raportoitu yhteys geenin ja biologisen prosessin välillä). Projektissa on kehitetty määritelmiä ja menetelmiä käsitteiden välisten yhteyksien voimakkuuksien määrittelyyn ja laskemiseen, relevantin aliverkon eristämiseen sekä visualisointiin.

Käyttäjän konteksti ja yksityisyys - User context and privacy (Context)

Ajankohta: 1/2003-7/2007
Tutkijat: Kari Laasonen, Mika Raento
Rahoitus: Suomen Akatemia, Hecse, HIIT/BRU

Hankkeessa tutkitaan käyttäjän kontekstin karakterisointia ja analysointia sekä kontekstitiedon soveltamista proaktiivisessa tietojenkäsittelyssä. Projektin tutkimusaiheita ovat erityisesti yksityisyyteen liittyvä problematiikka, paikkatietoa analysoivat algoritmit sekä kontekstitietoisten sovellusten ohjelmistotekniikka. Tutkimusta tehdään yhteistyössä HIITin tavoitetutkimusyksikön käyttäjäkokemusryhmän kanssa. Projektissa tuotettiin ContextPhone-ohjelmisto, joka kerää, tallettaa ja välittää kontekstitietoa tavallisissa S60-matkapuhelimissa. Se osaa myös automaattisesti annotoida kamerapuhelimella otetut kuvat kontekstitiedoilla ja siirtää ne esimerkiksi www-sivulle. Ohjelmiston avulla projektissa on tutkittu kontekstitiedon välittämisen vaikutusta käyttäjien kommunikointiin, sekä kehitetty menetelmiä käyttäjän solupohjaisen sijaintitiedon jalostamiseksi havainnollisempaan muotoon. ContextPhone-ohjelmistoa on käytetty tutkimustyökaluna mm. Berkeleyssä, MIT:ssa ja Taideteollisessa korkeakoulussa. Lokakuussa Google osti Jaikun, joka kehitti mobiilia yhteisöpalvelua vuodeset 2006 pitkälti ContextPhonen pohjalta.