Vierailija: Tommi Jaakkola

MIT:n Computer Science and Artificial Intelligence Laboratoryn (CSAIL) professori Tommi Jaakkola on vieraillut useampaan otteeseen laitoksellamme sitten viime vuoden tammikuun. MIT:n ja HIITin yhteistyö on käynnistymässä epämuodollisena ja ryhmien välisenä, mutta se mahdollisesti laajenee. Yhteistyöhön on nyt saatu rahoitusta Teknologiateollisuuden 100-vuotisssäätiöltä.

-Kiinnostuin yhteistyöstä, koska tunsin Suomesta ihmisiä ja Esko Ukkonenkin otti yhteyttä. Meillä on paljon yhteisiä tutkimusintressejä, Tommi Jaakkola kertoo.

-Yhteistyön tavoitteena on poistaa rajoja ja lisätä henkilövaihtoa. Tutkijoidemme into pitkäaikaiseen työskentelyyn ulkomailla voisi olla suurempikin. Tässä olisi nyt yksi mahdollisuus, Esko Ukkonen toteaa.

Tulossa on nyt tutkimusvierailuja HIITiin ja Hecse-tutkijakoulun kesäkurssi.

Solu on vakaa järjestelmä, tietokone ei

Tommi Jaakkola valmistui TKK:lta fysiikka pääaineenaan vuonna 1992. Diplomityö käsitteli neuroverkkoja ja niiden ymmärtämistä fysiikan kannalta. Jaakkola lähti Massachusettsiin tekemään väitöskirjaa, ja on viihtynyt MIT:ssa siitä asti lukuun ottamatta puolentoista vuoden rupeamaa postdoc-vaiheessa.

-  Aivoja voidaan tutkia biologisesti, kognitiivisesta näkökulmasta tai laskennallisesti. Väitöskirjani oli laskennallinen, mutta biologiaa piti lukea, Jaakkola sanoo.

Jaakkolan nykyisiä kiinnostuksen kohteita tutkimuksessa ovat koneoppiminen, laskennallinen biologia sekä tiedonhaku.

- Tutkimusaiheillani on matemaattisesti yhteistä, mutta yhteys on abstrakti. Laskennallinen biologia voidaan jakaa kolmeen osaan, Jaakkola sanoo.

Ensinnäkin laskennallisia menetelmiä voidaan käyttää biologisten ongelmien tutkimiseen data-analyysin kannalta. Toiseksi voidaan tutkia systeemien rakentamista biologisista komponenteista. Esimerkiksi solussa on osia, joista ei ymmärretä mitä ne tekevät. Nämä osat karsitaan, ja sen jälkeen katsotaan onko karsinnalla vaikutusta solun toimintaan.

Kolmas osa liikkuu myös tieteiden välissä. Laskennalliset tieteet eivät vain auta biologian tutkimusta, vaan niillä on myös annettavaa biologisten systeemien ymmärtämiseen laskennalliselta kannalta. Myös biologin voisi olla hyvä ymmärtää tietojenkäsittelyä. Alueella on omia tieteellisiä kysymyksiään. Esimerkiksi solun yhden reseptorin aktivoiminen voi aktivoida tiettyjen geenien toiminnan. Tätä tapahtumasarjaa voidaan tarkastella ja ymmärtää myös tietojenkäsittelytieteilijälle tutun signaalinkäsittelyn näkökulmasta. Toisin sanoen solun ymmärtäminen laskennallisesti voi valaista myös sen biologisia ominaisuuksia - samalla löytyy kysymyksiä, joita biologit eivät ehkä kysyisi.

Solu on järjestelmänä vakaa, mitä meidän tietojenkäsittelyjärjestelmämme eivät tunnetusti ole. Solusysteemeissä esiintyy paljon oppimisen ja mukautumisen kaltaisia peruskysymyksiä, jotka liittyvät myös tietojenkäsittelyyn. Solun ymmärtämisellä voi olla vaikutuksia molempiin tieteenaloihin.

MIT on joustava

-Minusta MIT on hyvin intensiivinen työpaikka, jossa ihmiset pitävät työtään tärkeänä ja ovat innostuneita. Myös kilpailua on toki paljon, Jaakkola toteaa.

-Hyviä ihmisiä on kaikissa yliopistoissa, MIT:ssä tosin vähän enemmän kuin monissa muissa.

Opiskelijalle MIT on mukava ja haastava ympäristö. Professorin näkökulmasta opiskelijoiden taso taas on erittäin hyvä. MIT myös tukee uusia, erilaisia ajatuksia esimerkiksi tarjoamalla resursseja. Hallinnollinen joustavuus liittyy osaksi siihen, että MIT on yksityinen ja rikas yliopisto. Toisaalta yksityisessä yliopistossa opiskeleminen on kallista ja se voi joissain tapauksissa rajoittaa opintoihin hakeutumista, mutta jatko-opiskelua rahoitetaan. Jaakkola katsoo kuitenkin, ettei tieteellinen joustavuus riipu niinkään rahasta vaan ihmisistä.

Sanna Kettunen