int define_process(char *machine,char *process_type); void set_pizza_count(int process_number,int pizza_count); void set_max_angle_group_size(int block_size); void set_projection_buffer_size(int projection_count); void set_projection_angles_file(char *file_name); void set_completed_projection_angles_file(char *file_name); void set_projection_angle_groups_file(char *file_name); void set_results_file(char *file_name); void set_log_file(char *file_name); void set_pizza_files(char **file_name_array); void set_model_file(char *file_name);Funktio define_process määrittelee uuden tyyppiä process_type olevan prosessin käynnistettäväksi koneella, jonka DNS-nimi on machine. Funktio palauttaa käynnistettävän prosessin prosessinumeron eli prosessin tunnisteen MPI_COMM_WORLD:ssä. Funktio ei varsinaisesti käynnistä prosessia, vaan liittää sen myöhemmin käynnistettävien prosessien taulukkoon.
Funktio set_pizza_count asettaa prosessille process_number lähetettävien pizzojen eli elektronimikroskooppikuvien määräksi parametrin pizza_count arvon. Jos prosessi process_number ei ole tyypiltään PROC_COMPARATOR, aiheutetaan järjestelmän suorituksen keskeytys makrolla bk_error.
Loput ylläluetelluista funktioista asettavat luvussa 5.2.6 esiteltyjen globaaleiden muuttujien arvoja. Esimerkiksi funktio set_max_angle_group_size asettaa muuttujan max_angle_group_size arvoksi parametrinsa block_size arvon. Muut funktiot toimivat vastaavasti, ja koska niiden nimistä käy ilmi minkä muuttujan arvon kukin asettaa, ei niitä dokumentoida tässä yhteydessä tämän tarkemmin.