char *projection_angles_file_name; char *log_file_name; char *model_file_name; char *projection_angle_groups_file; int max_angle_group_size; char *completed_projection_angles_file_name; char *results_file_name; char *pizza_file_names[]; int projection_buffer_size;Merkkijonot projection_angles_file_name, log_file_name ja model_file_name sisältävät käytettävän orientaatiotiedoston, lokitiedoston ja mallitiedoston nimet, vastaavasti. Orientaatiotiedosto sisältää listan orientaatiovaihtoehdoista, jotka järjestelmän halutaan tutkivan. Lokitiedostoon talletetaan järjestelmän laskentaa kuvaavia lokitietoja. Mallitiedostosta luetaan kolmiulotteinen malli, josta projektiot lasketaan.
Merkkijono completed_projection_angles_file_name ilmoittaa käytettävän käsiteltyjen orientaatioiden tunnisteet sisältävän tiedoston nimen. Tiedoston nimen lopun tulee olla muotoa .DDDDD.bin, missä kukin D on joku numeraali väliltä 0-9.
Merkkijono results_file_name ilmoittaa ohjelmalle käytettävän tulostiedoston nimen. Tiedoston nimen lopun tulee olla muotoa .DDDDD.bin, missä kukin D on joku numeraali väliltä 0-9.
Merkkijono projection_angle_groups_file ilmoittaa, mistä tiedostosta orientaatioiden blokkijako luetaan. Jos Xprojection_angle_groups_file == ""X, blokkien oletetaan koostuvan peräkkäisistä max_angle_group_size-kokoisista yhtenäisistä segmenteistä.
Merkkijonotaulukko pizza_file_names[] sisältää pizzojen eli makromolekyylikomplekseista otettujen elektronimikroskooppikuvien tiedostojen nimet. Ohjelman sisällä pizzoihin viitataan tämän taulukon indeksien mukaisilla kokonaisluvuilla.
Kokonaisluku projection_buffer_size ilmoittaa projektionvälittäjän käyttämän puskurin koon.