Vertailun syötetiedot jaetaan käyttäen aliluvussa Yksi mikroskooppikuva ja yksi prosessori 8.1.2 esiteltyä lähestymistapaa. Yksi tietty elektronimikroskooppikuva on vain yhden prosessorin työmuistissa ja kyseinen prosessori laskee kaikki tähän elektronimikroskooppikuvaan liittyvät vertailut.
Koska vertailuja on suuri määrä, ei yksittäisen vertailun rinnakkaistaminen ole mielekästä. Yhden vertailun jakaminen usean prosessorin kesken tarkoittaisi ylimääräistä rasitetta verkolle. Toisaalta jokainen prosessori kykenee suorittamaan yhden vertailun kerrallaan itsenäisesti. Yksi vertailu on sopiva rinnakkaistamisen perusyksiköksi ja myös järkevin vaihtoehto.