Väittelijä kiittää laitoksen väkeä, myös hienoista lahjoista (mm. kuumailmapallolento, keppihevonen ja suklaahieronta).

Niina Haiminen väitteli segmenttirakenteista suomeksi

Niina Haiminen väitteli 8.4. aiheessta Sekventiaalisen tiedon louhinta segmenttirakenteita etsimässä. Segmenttirakenteet ovat datan osituksia, joiden osat sisältävät keskenään samanlaisia tietoja. Niinan aineisto oli genomisekvenssiä, eli peräisin DNA:sta. Aihe oli luonnollinen jatkumo myöskin segmentointia käsitelleelle gradulle.

-  Väitöstilaisuus meni hyvin, ja oli mukavaa kun väkeä oli paljon, Niina kertoo.

Vastaväittäjänä oli professori Tapio Elomaa, joten väitös käytiin suomeksi. Niina kertoo, että kun termien suomennokset oli miettinyt etukäteen, suomea oli helppo puhua vaikka itse väitöskirja koostuikin englanninkielisistä artikkeleista.

Biologia on kiinnostanut Niinaa aina, mutta yliopistolle hän tuli 1998 opiskelemaan fysiikkaa. Käpistelylaitos veti naisen puoleensa parin vuoden päästä, sillä fysiikkaan liittyvät käytännön kokeet eivät innostaneet ja teoreettinen fysiikkakin oli turhan korkealentoista. Tutkijanura oli ollut mielessä opintojen alusta alkaen.

Laskennalliseen biologiaan Niina tutustui vasta graduvaiheessa algoritmilinjan kursseilla. Myös tilastotieteen puolella oli DNA-datan analysointia käsittelevää opetusta, ja menetelmätieteilijöille järjestettiin pari laboratoriokurssia.

- Siellä pääsi pipetoimaan, ja eristimme omaa DNA:tamme. Oli hyödyllistä nähdä miten epämääräistä data voi olla, mistä se tulee ja millaisilla välineillä, Niina sanoo.

Fysiikan opintoihin kuului alkuvuosina paljon matematiikkaa, mikä tietysti on hyödyllistä tietojenkäsittelytieteilijälle. Fysiikan laitoksella tutuksi tuli myös luonnontieteellinen ajattelumalli:

- Aina on todellinen tilanne, johon yhdistetään luonnonlaki tai kaava, ja tällä yhdistelmällä päästään mallintamaan.

Niina kokee nyt olevansa omalla alallaan, jossa yhdistyy sopivasti käytäntöä ja teoriaa. Vaikka väitöskirjankin menetelmät ovat yleiskäyttöisiä, hän aikoo pysytellä biologisten aineistojen parissa – lähitulevaisuudessa toivottavasti USA:ssa.

Sanna Kettunen