Laskennan oikea tasapainotus on kuitenkin sen valmistumisen kannalta erittäin olennaista, joten olisi kohtuutonta vaatia, että käyttäjä osaisi konfiguroida laskennan oikein ensi yrittämällä. Klusterin rakenne ja ominaisuudet voivat myös muuttua laskennan aikana.
Orientointijärjestelmän vikasietoisuusmekanismia voidaan myös käyttää hajautuksen tasapainottamiseen, vaikka laskenta on ollut käynnissä pitkäänkin. Periaate on, että käyttäjä keskeyttää laskennan, muuttaa konfiguraatiotiedostoa ja käynnistää laskennan uudestaan. Laskenta käynnistyy lähes siitä kohdasta, missä se oli, kun se pysäytettiin.
Käyttäjä voi määritellä konfiguraatiotiedoston avulla järjestelmän kaikkille prosesseille erikseen prosessorin ja määritellä haluamansa määrän vertailija- ja projektioiden tuottaja -prosesseja. Käyttäjä voi myös määritellä vapaasti elektronimikroskooppikuvien jaon vertailijaprosessien kesken. (katso 9.2)
Ohjelmiston mukauttaja tai jatkokehittäjä on otettu huomioon siten, että ohjelma on rakenteeltaan modulaarinen ja erityyppisten laskentaprosessien välinen kommunikaatio on pyritty pitämään mahdollisimman yksinkertaisena ja yksiselitteisenä.