Käyttäjä on määritellyt konfiguraatiotiedostossa elektronimikroskooppista saatujen kuvien tiedostonimet, joita on tarkoitus käsitellä, ja kullekin vertailijaprosessille tarkoitettujen kuvien lukumäärän. Tiedostojen lataaja -prosessi jakaa elektronimikroskooppikuvat käyttäjän antamien lukumäärien suhteessa. Kuvat jaetaan käyttäjän antamien lukumäärien suhteessa, jotta käyttäjän ei tarvitsisi huolehtia siitä, että lukumäärien summa on tarkalleen elektronimikroskooppikuvien lukumäärä.