Orientointijärjestelmä tulostaa kutakin syötteenä saamaansa elektronimikroskooppikuvaa kohden listan kulmista, joissa kuva parhaiten sopii annettuun kolmiulotteiseen malliin. Tulostetut kulmat varustetaan informaatiolla, joka kuvaa sitä kuinka hyvin kuva kyseisessä kulmassa sopii annettuun malliin.