This page in English

Bioinformatiikan ja laskennallisen biologian suuntautumisvaihtoehto

Nykyaikaiset biologiset tieteet pohjautuvat vahvasti laskennallisiin menetelmiin. Esimerkiksi molekyylibiologian, genetiikan ja ekologian alueilla tarvitaan varsin monimutkaisia laskennallisia menetelmiä, ja uusien menetelmien tarve on jatkuvasti suuri. Bioinformatiikan ja laskennallisen biologian suuntautumisvaihtoehto kouluttaa tällaisten menetelmien kehittäjiä sekä biologisten aineistojen hallintaan ja käsittelyyn erikoistuneita henkilöitä. Suuntautumisvaihtoehdon opinnoilla on menetelmällisiä yhtymäkohtia mm. algoritmien, informaatiojärjestelmien  ja älykkäiden järjestelmien erikoistumislinjoihin; opintojen painopisteen voi valita joustavasti data-analyysin ja bioinformatiikan väliltä.

Linjalta valmistuvat sijoittuvat laskentamenetelmien erikoisasiantuntijoiksi tutkimuslaitoksiin ja yrityksiin.

Tutkimusalat lukuvuonna 2004-2005:

• Rakennebiologian ja systeemibiologian algoritmit (Esko Ukkonen, Juho Rousu)
• Geenipaikannuksen laskennalliset menetelmät (Hannu Toivonen, Heikki Mannila)
• Genomien struktuurin algoritmiset kysymykset (Heikki Mannila, Esko Ukkonen, Marko Salmenkivi)
• Geeniekspression data-analyysimenetelmät (Samuel Kaski)
  

Katso myös Bioinformatiikka Helsingin yliopistossa yleisesti alla kuvaillun lisäksi.

Tämä sivu koskee lukuvuotta 2004-2005, vanha sivu täältä.

Opetus lukuvuonna 2004-2005

Syksyllä 2004 järjestetään luentokurssit

• Bioinformatiikan perusteet, 3ov (Pasanen)
• Molecular genetics and gene mapping for methodological sciences,  2cu (Onkamo et al.)
  
• Data analysis for gene expression, 3-5cu (Kaski, Auvinen, Bhattacharjee)
• Computational neuroscience, 3cu (Hoyer, Hurri)
  

ja seminaari

• Research seminar on computational data analysis, 2cu (N.N., Gionis, Kaski)
  

Keväällä 2005 järjestetään ainakin luentokurssit

• Computational systems biology, 3cu (Ukkonen, Holm)
• Modelling of perception, 3cu (Hyvärinen, Lampinen, Tiippana)
  

ja  seminaari

• Research seminar on data analysis for bioinformatics, 2cu (Kaski)

Tutkintovaatimukset

Bioinformatiikan ja laskennallisen biologian suuntautumisvaihtoehto (95 ov)

• Tietojenkäsittelytieteen cum laude -oppimäärä (46 ov),
• Bioinformatiikan perusteet (3 ov)
• Laskennan teoria (3 ov)

Muita aihepiiriin soveltuvia laudatur-kursseja, vähintään 17 ov

Seminaareja, vähintään 4 ov
Pro Gradu -tutkielma, 16 ov

Suuntautumisvaihtoehdon sisällöstä ja sivuaineista on sovittava erikseen linjan vastuuprofessorin kanssa.

Suositukset

Bioinformatiikasta valmistuvan on syytä hankkia vankat matematiikan ja tilastotieteen tiedot, sekä perustiedot biologiasta. Vähintään yhteen bioinformatiikan osa-alaan kannattaa perehtyä syventävällä kurssilla. Tämän vahvan perustan hankkimisen jälkeen on mahdollista valita opintojen painopiste joustavasti data-analyysin ja bioinformatiikan välillä, ja toisaalta erikoistua tiettyyn tietojenkäsittelyn alaan tai hankkia yleisemmät tiedot monesta.

Biologista taustatietoa voi hankkia joko lukemalla biologisen sivuaineen tai erityisiä menetelmätieteilijöille suunnattuja kursseja.

Tietojenkäsittelytieteen menetelmiin erikoistutaan valitsemalla sopiva kokonaisuus muiden erikoistumislinjojen kursseista.

Lopuksi hankitaan erikoistaitoja bioinformatiikan erikoiskursseilla ja seminaareissa, ja sovelletaan hankittuja taitoja bioinformatiikan tutkimusongelmiin pro gradu-työssä.

Alla luetelluista suosituksista voi poiketa ainoastaan hyvin perustein.

Sivuaineet

Vahvasti suositeltavia ovat vankka matematiikan ja tilastotieteen sivuainekokonaisuus sekä jokin biologinen tiede. Toimiva vaihtoehto on esim:

• Menetelmätieteiden sivuainekokonaisuus (cum laude, väh. 35 ov)

• Matemaattiset apuneuvot I ja II, 10ov
• Diskreetti matematiikka, 5ov
• Todennäköisyyslaskenta I, 5ov
• Johdatus todennäköisyyslaskentaan ja tilastotieteeseen, 6ov (tai Tilastotieteen jatkokurssi, 6ov)
• Loput kiinnostuksen mukaan

Vastuuprofessori

lkv. 2004-2005 on prof. Samuel Kaski.

---

Viimeksi päivitetty 13. toukokuuta 2004 Sami Kasken toimesta.