Sivuaineopinnot muodostuvat opintokokonaisuuksista, eivät yksittäisistä opintojaksoista. Ensimmäisen sivuaineen tulee olla matematiikan tai menetelmätieteiden opintokokonaisuus, minimissään laajennettu perusopintokokonaisuus (30 op). Toisen sivuaineen ja mahdolliset ylimääräiset sivuaineet voi valita vapaasti. Jos ensimmäisessä sivuaineessa suoritetaan vähintään 50 opintopisteen laajennettu perusopintokokonaisuus tai perus- ja aineopintokokonaisuus (60 op), toista sivuainetta ei vaadita. Menetelmätieteiden perusopintokokonaisuudet muodostuvat matematiikan ja tilastotieteen opinnoista; kummankin aineen opintoja tulee olla vähintään tutkintovaatimuksissa ilmoitetut määrät (30 op:n kokonaisuudessa kumpaakin vähintään 10 op sekä 50 op:n ja 60 op:n kokonaisuudessa vähintään 20 op). Hyväksyttävät opintojaksot selviävät menetelmätieteiden esittelystä. Opintojakso Johdatus diskreettiin matematiikkaan (5 op) on kaikissa yhdistelmissä pakollinen opintojakso, millä kiinnitetään erityistä huomiota matemaattisten peruskäsitteiden selventämiseen.
Matematiikan opinnot on syytä aloittaa heti opintojen alkaessa ja suorittaa pääosin kahden ensimmäisen opintovuoden aikana. Matematiikan taitoja tarvitaan maisteriopinnoissa useimmilla erikoistumislinjoilla sekä muutamilla LuK-vaiheen opintojaksoilla. Lisäksi tietojenkäsittelyalan tieteellisen kirjallisuuden seuraaminen esimerkiksi tutkielmatyössä vaatii yleensä matemaattisia perustietoja.
FM-tutkinnossa algoritmien erikoistumislinjalla vaaditaan matematiikan tai menetelmätieteiden perus- ja aineopintokokonaisuus (60 op), ja erikoistumislinjalla Data Communications Software noin 30 opintopisteen verran siten kuin sovitaan henkilökohtaisessa opintosuunnitelmassa (FM-HOPS). Näillä linjoilla FM-tutkintonsa suorittavien kannattaa mahdollisesti suorittaa laajat matematiikan tai menetelmätieteiden sivuaineopinnot jo LuK-vaiheessa.
Sivuaineissa ja vapaasti valittavissa opinnoissa on syytä pyrkiä siihen, että nämä yhdessä pääaineopintojen kanssa tekevät tutkinnosta sisällöllisesti järkevän kokonaisuuden. Minimiä laajemman matematiikan tai menetelmätieteiden sivuaineen suorittaminen on tietojenkäsittelytieteen syventävien opintojen kannalta suositeltavaa. Matemaattisen eksakti ajattelu ja päättely on tärkeää hyvinkin käytännöllisten ongelmien systemaattisessa ratkaisussa. Tältä kannalta tärkeimpiä ovat yleisluontoiset matematiikan kurssit kuten Lineaarialgebra I ja analyysin kurssit, jotka samalla antavat pohjaa muille matematiikan kursseille.
Sopivien opintojaksojen valinta riippuu osittain erikoistumisesta FM-tutkinnossa. Logiikka I tarjoaa formalismeja ohjelmointikielten ja muiden järjestelmien määrittelyyn sekä on välttämätöntä perustietoa tietokantoja ja tekoälyä tutkittaessa. Todennäköisyyslaskentaa tarvitaan, kun tarkastellaan järjestelmien suorituskykyä esimerkiksi tietoliikenteessä ja hajautetuissa järjestelmissä. Todennäköisyyslaskenta on keskeistä perusteoriaa myös oppivissa ja älykkäissä järjestelmissä sekä algoritmien suunnittelussa ja analyysissä.
Eräillä linjoilla sopivana sivuaineena pidetään erityisesti tilastotiedettä (yksinään tai menetelmätieteiden sivuainekokonaisuuden osana); ks. linjojen kuvaukset.
Erikoistumislinjojen verkkosivuilla on suosituksia linjan opintoihin erityisesti sopivista sivuaineista. Sivuainekokonaisuuden voi suorittaa monessa tiedekunnassa tai myös toisessa korkeakoulussa. On syytä huomata, että monen aineen sivuaineopiskeluoikeus vaatii erillistä hakemusta tai tasokoetta. Näistä on otettava omatoimisesti selvää; hakumahdollisuus tai tasokoe on usein vain kerran vuodessa.
Esimerkkejä Helsingin yliopistossa suoritettavista sivuaineista:
matemaattis-luonnontieteellisessä tiedekunnassa (matematiikan ja menetelmätieteiden sivuainekokonaisuuden lisäksi) fysiikka, teoreettinen fysiikka, maantiede;
biotieteellisessä tiedekunnassa biologia (useita ns. yhteisiä sivuaineoppimääriä), geneettinen bioinformatiikka, perinnöllisyystiede, yleinen mikrobiologia, biokemia;
valtiotieteellisessä tiedekunnassa (tilastotieteen lisäksi) kansantaloustiede, sosiaalipsykologia, käytännöllinen filosofia, viestintä, johtamisen sivuainekokonaisuus;
humanistisessa tiedekunnassa teoreettinen filosofia, yleinen kielitiede, kieliteknologia (ks. Kieliteknologiaverkoston kuvaus);
käyttäytymistieteellisessä tiedekunnassa kognitiotiede, kasvatustiede, aikuiskasvatustiede, psykologia.
Muissa korkeakouluissa voi opiskella erityisesti ns. joustavan opiskeluoikeuden (JOO) nojalla. Suosituimpia sivuaineita ovat olleet tuotantotalous (TKK), kauppatieteelliset aineet (HKKK), eräät taideaineet (TaiK) [...] Opintojen sisällöstä ja hakumenettelystä saa tietoja mainittujen korkeakoulujen opinto-oppaista ja opintojen hyväksilukemisesta tutkintoon sivulta http://www.cs.helsinki.fi/opiskelu/ohjeet/hyvlukohje.html.
Laitoksella voidaan poikkeustapauksissa koota (virallistaa) muissa korkeakouluissa suoritetuista erillisistä, mutta sisällöllisesti yhteenkuuluvista, opinnoista 25 op:n laajuinen sivuainekokonaisuus. Tätä suppeammat tai laajemmat opinnot, jotka eivät muodosta suorituspaikassa määriteltyä opintokokonaisuutta, sijoitetaan tutkinnossa vapaasti valittaviin opintoihin.