Mobile-IP ongelmia Path-MTU discovery joka on nykyään käytössä kaikissa uusissa käyttöjärjestelmissä luottaa siihen että ICMP "Destination unreachable" viestit pääsevät perille. Koska MIP perustuu tunnelointiin, MTU tunnelissa tulee olemaan pienempi kun 1500, jolloin PMTU algoritmi pitäisi triggeroitua. Jotkut tietämättömät sysadminit blockaavat kaikki ICMP viestit. Ratkaisuna MTU:n pienennys MN:lla, PMTU:n disablointi, MSS muuttaminen lennossa esim FA:lla (todella rumaa). Masquerade NAT käytössä GPRS ja UMTS liittymissä. Masquerade NAT aiheuttaa ongelmia tavallisille IP tason tunnelityypeille. Ratkaisuna ns. NAT traversal protokollia ehdotellaan. Nykyhetken WLAN ajurit eivät kommunikoi hyvin ulkopuolisten (kuten esim. Mobile Node) ohjelmistojen kanssa. Liikkuessa verkoitetussa ympäristössä MN ei pysty vaikuttamaan WLAN aseman (Access Point) valintaan => WLAN asema saattaa olla ilman MIP tukea.