Tieteellisen kirjoittamisen kurssi, syksy 2006

Ryhmä 7, bioinformatiikka

Ohjaaja: Kimmo Palin. (kpalin-38dde1752f75ad55b20241124-@cs.helsinki.fi )
Valvoja:  Juho Rousu

Uutisia

• Kurssin aikataulu löytyy verkosta osoitteesta http://www.cs.helsinki.fi/u/kpalin/tiki/aikatauluS06.html
• Ryhmän ohjaajaksi on vaihtunut Kimmo Palin.
• Ensimmäinen tapaaminen 5.9. klo 17:30 huoneessa A219

Hyödyllisiä linkkejä

• Syksyn 2006 Tieteellisen kirjoittamisen kurssin etusivu.
• Linkkejä arvostettuihin bioinformartiikan lehtiin löydät täältä
• Ohjeita Word- ja OpenOffice-dokumenttien muuttamiseksi pdf-muotoon löydät täältä.
  
• Sanastoja, johdatusta molekyylibiologiaan yms löydät Bioinformatiikan perusteet -kurssin kotisivujen kautta.
• Lehtien elektronisiin versioihin pääset käsiksi kotoakin, jos avaat ensin SSH-tunnelin laitokselle. Ohjeet löydät täältä.
  

Tutkielman aiheita ja referoitavia artikkeleita

Mainitut esitiedot on tarkoitettu antamaan esimakua aihealueesta. Asioita ei tarvitse osata etukäteen, vaikka siitä apua onkin!

• Metaboliaverkkojen stoikiometrinen analyysi

• hyödyllisiä esitietoja: lineaarialgebra, optimointi.
• referaattiartikkeleita:
• Jeremy S. Edwards, Markus Covert, Bernhard Palsson: Metabolic modelling of microbes: the flux-balance approach. Environmental Microbiology (2002) 4(3), 133–140.
• Priti Pharkya, Anthony P. Burgard, and Costas D. Maranas: OptStrain: A computational framework for redesign of microbial production systems. Genome Research (2004) 14, 2367-2376.

• Metaboliaverkkojen rekonstruktio (Suvi Hiltunen)

• hyödyllisiä esitietoja: merkkijonomenetelmät, tilastollinen päättely, verkkoalgoritmit
  
• referaattiartikkeleita:
• Christof Francke, Roland J. Siezen, Bas Teusink: Reconstructing the metabolic network of a bacterium from its genome. TRENDS in Microbiology (2005) 13(11), 550-558.
• Michelle L Green, Peter D Karp: A Bayesian method for identifying missing enzymes in predicted metabolic pathway databases. BMC Bioinformatics (2004) 5:76.
• Peter Kharchenko, Dennis Vitkup, George M.  Church: Filling gaps in a metabolic network using expression information. Bioinformatics (2004) 20, i178 - i185.
  (Referaatti)

• Proteomiikka ja metabolomiikka
  

• hyödyllisiä esitietoja: merkkijonomenetelmät, tilastollinen päättely
• referaattiartikkeleita:
• Rovshan G. Sadygov, Daniel Cociorva, John R. Yates III: Large-scale database searching using tandem mass spectra: Looking up the answer in the back of the book. Nature Methods (2004) 1(3), 195-202.

• Biomolekyylien rakenteen analyysi (Kirsi Jokisalo)
  

• hyödyllisiä esititietoja: verkkoalgoritmit, tiedon louhinta
• referaattiartikkeleita
• Peter  J. Artymiuk, Ruth V. Spriggs, Peter Willett: Graph Theoretic Methods for Analysis of Structural Relationships in Biological Macromolecules. Journal of the American Society for Information Science and Technology (2005) 56(5), 518-528.
  (Referaatti)
• Siegfried Nijssen, Joost N Kok: The Gaston Tools for Frequent Subgraph Mining. Electronic Notes in Theoretical Computer Science (2005) 127, 77-87.
• Valerie J. Gillet ,  Peter Willet, , John Bradshaw: Similarity Searching Using Reduced Graphs. Journal of Chemical Information and Computer Sciences (2003) 43, 338-345.
  

• Proteiinien funktion ja rakenteen ennustaminen (Ville Vahervuori)
  

• hyödyllisiä esitietoja: merkkijonomentelmät, verkkoalgoritmit, tilastollinen päättely, koneoppiminen
  
• referaattiartikkeleita:
  
• Ryan Kelley, Trey Ideker: Systematic interpretation of genetic interactions using protein networks. Nature Biotechnology (2005) 23(5), 561-566.
• William S. Noble, Rui Kuang, Christina Leslie, Jason Weston: Identifying remote protein homologs by network propagation. FEBS Journal 272 (2005), 5119–5128.
  (Referaatti)
• A. Heger, L. Holm.:  More for less in structural genomics. Journal of Structural and Functional Genomics (2003) 4, 57–66.
  

• Geenien säätelyalueiden ennustaminen
  

• hyödyllisiä esitietoja: merkkijonomenetelmät, tilastollinen päättely
• referaattiartikkeleita:
• Martin Tompa et al.: Assessing computational tools for the discovery of transcription factor binding sites. Nature Biotechnology (2005)  23(1), 137-144.
• Paul Cliften, et al.: Finding Functional Features in Saccharomyces Genomes by Phylogenetic Footprinting. Science (2003) 301(4), 71-76.

• Geeniekpressioanalyysi

• hyödyllisiä esitietoja: tilastollinen päättely, koneoppiminen
• referaattiartikkeleita:
  
• Alvis Brazma, Jaak Vilo: Gene expression data analysis. Microbes and Infection (2001) 3, 823−829.
  
• Amos Tanay, Roded Sharan, Ron Shamir: Discovering statistically significant biclusters in gene expression data. Bioinformatics (2002) 18, 136-144.

• Geenisäätelyverkkojen rekonstruktio (Antti Tani)

• hyödyllisiä esitietoja: tilastollinen päättely, koneoppiminen, verkkoalgoritmit, tiedon louhinta
  
• referaattiartikkeleita:
• Florence d’Alch´e–Buc, Vincent Schachter: Modeling and identification of biological networks. Proc. Intl. Symposium on Applied Stochastic Models and Data Analysis (ASMDA 2005), Brest, France (2005), 167-179.
  (Referaatti)
• Shai S. Shen-Orr, Ron Milo, Shmoolik Mangan, Uri Alon: Network motifs in the transcriptional regulation network of Escherichia coli. Nature Genetics (2002) 31, 64-68.
• Trey E. Ideker, Vesteinn Thorsson, Richard M. Karp: Discovery of regulatory interactions through perturbation: inference and experimental design.  Pacific Symposium on Biocomputing (2000) 5, 302-313.

• Genomin rakenteen analyysi
  

• hyödyllisiä esitietoja: merkkijonomenetelmät, tilastollinen päättely
• referaattiartikkeleita:
  
• Michael R. Brent, Roderic Guigo: Recent advances in gene structure prediction. Current Opinion in Structural Biology (2004) 14, 264-272.

• SNP- ja  haplotyyppianalyysi (Riku Louhimo)
  

• hyödyllisiä esitietoja: merkkijonomenetelmät, tilastollinen päättely
• referaattiartikkeleita:
• Bjarni V. Halldorsson, Vineet Bafna, Nathan Edwards, Ross Lippert, Shibu Yooseph, Sorin Istrail: A Survey of Computational Methods for Determining Haplotypes.  Proceedings of the First RECOMB Satellite on Computational Methods for SNPs and Haplotype Inference, (RECOMB SNP&HAP03), Springer Lecture Notes in Bioinformatics (2003) LNBI 2983,  26-47.
  (Referaatti)
• SOVITAAN ERIKSEEN, MITKÄ OSAT ARTIKKELISTA REFEROIDAAN

• Biotietokannat ja dataintegraatio (Kati Laakso)

• hyödyllisiä esitietoja: tiedonhallinta, xml
• referaattiartikkeleita:
• Evgeni M. Zdobnov, Rodrigo Lopez, Rolf Apweiler, Thure Etzold: The EBI SRS server - recent developments. Bioinformatics (2002) 18(2), 368-373. sekä Thomas Fuhrmann, Andrea Schafferhans, Thure Etzold: An Overlay-Network Approach for Distributed Access to SRS. Proceedings of the 3rd IEEE/ACM International Symposium on Cluster Computing and the Grid (CCGRID'03) (2003).
• Barbara A. Eckman, Anthony S. Kosky, Leonardo A. Laroco: Extending traditional query-based integration approaches for functional characterization of post-genomic data. Bioinformatics (2001) 17(7), 587-601.
  (Referaatti)
• Daniel L. Rubin, Farhad Shafa, Diane E. Oliver, Michael Hewett, Russ B. Altman: Representing genetic sequence data for pharmacogenomics: an evolutionary approach using ontological and relational models. Bioinformatics (2002) 18, S207-215.
  

• Tietämyksen muodostaminen biologisesta tekstiaineistosta
  

• hyödyllisiä esitietoja: tietämyksen muodostaminen, rakenteisten dokumenttien analyysi
• referaattiartikkeleita:
• Parantu K Shah, Carolina Perez-Iratxeta, Peer Bork, Miguel A Andrade: Information extraction from full text scientific articles: Where are the keywords? BMC Bioinformatics (2003) 4(20).
• Hagit Shatkay, Ronen Feldman:  Mining the Biomedical Literature in the Genomic Era: An Overview. Journal of Computational Biology (2003) 10(6), 821-855.
• SOVITAAN ERIKSEEN, MITKÄ OSAT ARTIKKELISTA REFEROIDAAN

• Oma aihe

• Mieti aiherajaus ja tuo referoitavaksi ehdottamasi artikkeli mukanasi ensimmäiseen ryhmätapaamiseen.