Bioinformatiikka
Nykyaikaiset biologiset tieteet pohjautuvat vahvasti laskennallisiin menetelmiin. Esimerkiksi molekyylibiologian, genetiikan ja ekologian alueilla tarvitaan varsin monimutkaisia laskennallisia menetelmiä, ja uusien menetelmien tarve on jatkuvasti suuri.
Bioinformatiikan opetus tähtää tällaisten menetelmien kehittäjien; sekä biologisten aineistojen hallintaan ja käsittelyyn erikoistuneiden henkilöiden kouluttamiseen.
Bioinformatiikasta valmistuvan on syytä hankkia vankat matematiikan ja tilastotieteen tiedot, sekä perustiedot biologiasta. Vähintään yhteen bioinformatiikan osa-alaan kannattaa perehtyä syventävällä kurssilla. Tämän vahvan perustan hankkimisen jälkeen on mahdollista valita opintojen painopiste joustavasti data-analyysin ja bioinformatiikan välillä, ja toisaalta erikoistua tiettyyn tietojenkäsittelyn alaan tai hankkia yleisemmät tiedot monesta.
Bioinformatiikasta valmistuvat sijoittuvat laskentamenetelmien erikoisasiantuntijoiksi tutkimuslaitoksiin ja yrityksiin.
Opiskelu
Tietojenkäsittelytieteen laitoksella bioinformatiikkaan voi suuntautua bioinformatiikan maisteriohjelmassa (Master's Degree Programme in Bioinformatics, MBI), johon on erillisvalinta joka kevät. Opintonsa ennen 1.8.2006 aloittaneet voivat myös valmistua bioinformatiikan ja laskennallisen biologian erikoistumislinjalta.
Bioinformatiikan kurssit ja seminaarit löytyvät MBI:n opetusohjelmasta
MBI-ohjelmaan kuulumattomat Helsingin yliopiston opiskelijat voivat suorittaa tietojenkäsittelytieteen laitoksen järjestämiä MBI-ohjelman kursseja (kapasiteetin salliessa myös seminaareja). TKK:n järjestämiin MBI-kursseihin osallistumiseen vaaditaan muilta kuin MBI-opiskelijoilta kuitenkin JOO-sopimus.
Jatko-opiskelu
Bioinformatiikan jatko-opiskelu järjestetään pääasiallisesti laskennallisen biologian, bioinformatiikan ja biometrian tutkijakoulun CoMBI puitteissa, mutta myös HeCSE-tutkijakoulussa voi suuntautua bioinformatiikkaan.
Tutkimus
Bioinformatiikka ja laskennallinen biologia on tietojenkäsittelytieteen laitoksen vahva tutkimusalue, muuan muassa laitoksella toimivat Algoritmisen data-analyysin huippututkimusyksikkö sekä HIIT-tutkimuslaitoksen perustutkimusyksikkö panostavat tutkimusalueeseen.
Laitoksella opetetaan ja tutkitaan myös neuroinformatiikkaa, joka voidaan laajasti ottaen määritellä informaatioteknologian ja neurotieteen leikkauksena.
Bioinfoväkeä
Tietojenkäsittelytieteen laitoksella bioinformatiikkaan liittyviä tutkimushankkeita ja -ryhmiä vetävät seuraavat professorit:
- Veli Mäkinen, prof. (mvs.), bioinformatiikan vastuuprofessori (Sekvenssianalyysin algoritmit).
- Juho Rousu, prof (mvs.), tutkimusvapaalla (laskennallisen systeemibiologian menetelmät, biologisten rakenteiden ennustaminen)
- Hannu Toivonen, prof. (biologisen tiedon louhinta, geenipaikannuksen laskennalliset menetelmät)
- Esko Ukkonen, prof. (sekvenssianalyysin algoritmit, rakenne- ja systeemibiologian algoritmit)
- Heikki Mannila, tutkimusjohtaja, HIIT (tiedon louhinta, genomien rakenteen algoritmiset kysymykset)
Vastuuprofessori
lkv. 2009-2010 on prof. (mvs.) Veli Mäkinen.Viimeksi päivitetty 19.8.2009 Juho Rousun toimesta.