Suorituskykyvaatimukset

Lähteetlabelsuorituskyky Orientointijärjestelmälle on asetettu vaatimuksia sekä suoritusajan että yksittäisen solmukoneen keskusmuistin koon suhteen. Lähteetpar Järjestelmän tulee suoriutua asiakkaan tarjoamassa hajautetun muistin rinnakkaiskoneessa vähintään tuhannen (1000) kaksiulotteisen elektronimikroskooppikuvan orientoinnista viikon (7 vrk) aikana. Orientointi koostuu makromolekyylin kolmiulotteisen mallin projisoimisesta eri suunnista ja jokaisen saadun projektion vertaamisesta jokaiseen elektronimikroskooppikuvaan. Kun projektioita lasketaan esim. asteen välein täytyy projisointeja siis tehdä vähintään Lähteetbeginmath 180 Lähteettimes 180=32400 Lähteetendmath kpl/vko Lähteetbeginmath Lähteetapprox 3.2 Lähteetendmath kpl/min ja kaksiulotteisten kuvien vertailuja, joissa myös kaikki kiertokulmat käydään läpi, vastaavasti Lähteetbeginmath 32400 Lähteettimes 1000 = 32400000 Lähteetendmath kpl/vko Lähteetbeginmath Lähteetapprox 3214 Lähteetendmath kpl/min Lähteetpar Järjestelmä ei saa toimiakseen vaatia miltään suoritusympäristön yksittäiseltä solmukoneelta enempää keskusmuistia kuin 128 MB. Suurin keskusmuistin tarve syntyy todennäköisesti kolmiulotteisen Lähteetbeginmath (256 Lähteettimes 256 Lähteettimes 256) Lähteetendmath mallin pitämisestä projisointia varten muistissa. Lähteetpar Lähteetnewpage Lähteetbegintex2html_deferredLähteetrenewedcommandLähteetLähteetendtex2html_deferred LähteetaddcontentslinetocsectionLähteetprotectLähteetnumberlineLähteet Lähteetbibliographystylealpha Lähteetbibliographylahteet LähteetbeginthebibliographyBeowulf Lähteetpar Lähteetbibitem[Lanc98]C-standard Cristopher J.Lanczycki, Calvin A. Johnson, Benes L. Trus, James F. Conway, Alasdair C. Steven, Robert L. Martino
US National National Institutes of Health
Lähteetem Parallel Computing Strategies for Determining Viral Capsid Structure by Cryoelectron Microscopy
IEEE Computational Science & Engineering, Huhti-Touko 1998, s. 76-79 Lähteetpar Lähteetbibitem[Linux]Linux http://www.linux.org Lähteetpar Lähteetbibitem[Mandrake]Mandrake http://www.linux-mandrake.com/en/ Lähteetpar Lähteetbibitem[BeowulfSaga]BeowulfSaga http://www.newadvent.org/cathen/09121a.htm Lähteetpar Lähteetbibitem[ATM]ATM http://www.atmforum.com/ Lähteetpar Lähteetbibitem[Terra]Terra http://www.pgroup.com/p6Lähteet_success/Terra.htm Lähteetpar Lähteetbibitem[Resch96]Resch96 Chance Reschke, Thomas Sterling, Daniel Ridge, Daniel Savarese, Donald Becker, Phillip Merkey

Lähteetem A Design Study of Alternative Network Topologies for the Beowulf Parallel Workstation Proceedings, High Performance and Distributed Computing, 1996
Lähteetpar Lähteetbibitem[Beowulf]Beowulf http://www.beowulf.org/
http://www.hq.nasa.gov/hpcc/insights/vol7/beowulf.htm
Donald J. Becker, Thomas Sterling, Daniel Savarese, John E. Dorband,
Udaya A. Ranawak, Charles V. Packer
Lähteetem Beowulf: A Parallel Workstation for Scientific Computation
Proceedings, International Conference on Parallel Processing, 95
Lähteetpar Daniel Ridge, Donald Becker, Phillip Merkey, Thomas Sterling, Becker, Phillip Merkey
Lähteetem Beowulf: Harnessing the Power of Parallelism in a Pile-of-PCs
Proceedings, IEEE Aerospace, 1997 Lähteetpar Lähteetbibitem[MPI]MPI http://www.mpi-forum.org/index.html
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/ Lähteetpar Lähteetbibitem[Gard95]gt Richard J. Gardner
Lähteetem Geometric Tomography
Encyclopedia of Mathematics and Its Applications (volume 58),
Cambridge University Press, 1995 Lähteetpar Lähteetbibitem[Frank96]temma Joachim Frank
Lähteetem Three-Dimensional Electron Microscopy of Macromolecular Assemblies
Academic Press, 1996 Lähteetpar Lähteetbibitem[Frank92]et Joachim Frank
Lähteetem Electronic Tomography: Three-Dimensional Imaging with the Transmission El ectron Microscope
Plenum Press, 1992 Lähteetpar Lähteetbibitem[Herman99]dt Gabor T. Herman and Attila Kuba
Lähteetem Discrete Tomography: Foundations, Algorithms and Applications
Birkhäuser, 1999 Lähteetpar Lähteetbibitem[Toft96]rt Peter Toft
Lähteetem The Radon Transform: Theory and Implementation
PhD thesis, Department of Mathematical Modelling, Technical University of Denmark, 1996 Lähteetpar Lähteetbibitem[Kivioja99]vape Teemu Kivioja
Lähteetem Virusten automaattinen paikantaminen elektronimikroskooppikuvista
Master's thesis, Tietojenkäsittelytieteen laitos, Helsingin yliopisto, 1999 Lähteetpar Lähteetendthebibliography Lähteetpar Lähteetenddocument