Taustatietoa

Merkkijonomenetelmien tutkimusta on Suomessa harjoitettu menestyksekkäästi jo 80-luvulta alkaen. Merkkipaaluja vuosien varrelta ovat muun muuassa ensimmäiset muotoilut sekvensointimenetelmissä vaadittavista algoritmeista, likimääräisen hahmonsovituksen perusmenetelmät ja tehokkaat häviöttömät suodatusmenetelmät, hahmonsovitus tiivistetyistä jonoista, tilatehokkaat loppuosaindeksit, loppuosaindeksien tehokkaat muodostusalgoritmit, sekä 2- ja useampi-uloitteinen hahmosovitus yli erilaisten muunnosluokkien.

Kehitettyä menetelmällistä työkalupakkia on käytetty usean eri sovellusalan ongelmien ratkomiseen, kuten rakenteisten dokumenttien hakuun tiedonhaussa, merkkijonojen käsittelyyn tietokannoissa, biologisen sekvennsianalyysin hahmonetsintäongelmiin, geenien säätelyelementtien etsimiseen, bioteknologisten mittausmenetelmien kehitykseen, musiikin ja kuvien etsintään sisällön perusteella, sekä tietokonevirusten tunnistukseen.

Missio

Kokoontumisen tarkoituksena on luoda katsaus kansalliseen merkkijonomenetelmien tutkimukseen, sekä laajemminkin sekvenssianalyysin ja kombinatorisen hahmosovituksen tutkimukseen, ja käydä keskustelua alan tulevaisuuden haasteista.

Osallistuminen

Tapahtuma on suunnattu alan tutkijoille ja opiskelijoille, mutta on avoin kaikille merkkijonomenetelmistä kiinnostuneille.

Ohjelma

• 9.45-10.15: Tervetulokahvi
• 10.15-11.45: Lars Paulin (kutsuttu esitelmä): "Uudet sekvensointiteknologiat" [Pdf]
• 11.45-12.15: Leena Salmela: "Tarkka hahmonsovitus suurilla hahmojoukoilla"
• 12.15-13.15: Lounastauko
• 13:15-13.45: Tommi Rantala: "Merkkijonojen järjestäminen radix sort -algoritmilla"
• 13.45-14.15: Niko Välimäki: "Tilatehokas merkkijonojoukkojen louhinta"
• 14:15-14.45: Kahvitauko
• 14.45-15:15: Kimmo Fredriksson: "Maatuska laskureita ja gäppejä"
• 15.15-15:45: Pasi Rastas: "Nopeita hakualgoritmeja positiokohtaisilla pisteytysmatriiseilla"
• 15.45-16.00: Heikki Hyyrö: "SPIRE 2009, Saariselkä (?)"

Sijainti

Tapahtuma järjestetään Helsingin yliopiston Tietojenkäsittelytieteen laitoksella, Exactum rakennuksen salissa D122.

Järjestäjät

• Esko Ukkonen
• Jorma Tarhio
• Kimmo Fredriksson
• Heikki Hyyrö
• Veli Mäkinen