Helsingin yliopisto Tietojenkäsittelytieteen laitos
 

Tietojenkäsittelytieteen laitos

Tietoa laitoksesta:

 

Tiedon louhinta biomolekyyliaineistoista (2 ov) (seminaari syksy 03)

Tämä sivu: http://www.cs.helsinki.fi/hannu.toivonen/teaching/seminaariS03/

Seminaariraportit

Seminaari toimii konferenssin tapaan: katso alta kohta seminaarin toiminta! Seminaarin kokoontumiset:

Palautelomake (Laudatur -> Tiedon louhinta biomolekyyliaineistosta)!

Seminaarin aihepiiri

Biomolekyyliaineistojen (DNA, RNA) analysointi ja hyödyntäminen on yksi nykyaikaisen biologian tärkeistä tutkimuskohteista. Seminaarissa käsitellään hahmojen etsimistä biomolekyyliaineistoista: algoritmeja, menetelmiä ja työkalujakin. Seminaari keskittyy tietojenkäsittelyyn, biologiaa vain sivutaan.

Seminaarin materiaalina käytetään kirjaa Pattern Discovery in Biomolecular Data: Tools, Techniques, and Applications, (edited by Jason T. L. Wang, Bruce A. Shapiro, and Dennis Shasha) sekä alkuperäisartikkeleita. Kirjaa ei tarvitse hankkia seminaaria varten.

Esitiedot

Osallistujilta edellytetään tieteellisen kirjoittamisen kurssin suorittamista. Hyödyllisiä kursseja seminaaria varten ovat mm. tietämyksen muodostaminen, koneoppiminen, merkkijonomenetelmät sekä algoritmien suunnittelu ja analyysi. Molekyylibiologian tuntemisesta on toki apua, mutta taustatietoja siitä ei oleteta.

Seminaariin valitaan maks. 12 osallistujaa opintojen edistymisen ja fokuksen perusteella.

Seminaarin toiminta

Seminaarin toiminta matkii tieteellisiä konferensseja. Kukin osallistuja laatii aiheestaan alkusyksyn aikana raportin ("artikkelin"), joka palautetaan seminaarin ("konferenssin") järjestäjälle. Toiset seminaarin osallistujat ("ohjelmatoimikunta") arvioivat raportin ja antavat niistä palautetta, jonka perusteella tekijä muokkaa raportin lopulliseen muotoonsa. Seminaari ("konferenssi") kokoontuu lopulta kaksipäiväisenä, ja kukin osallistuja pitää esitelmän. Viimeistellyt raportit kootaan yhteen ("konferenssijulkaisuksi") ennen kokoontumista ja jaetaan osallistujille sitä ennen tutustumista varten.

Seminaari siis kokoontuu poikkeuksellisesti vain neljä kertaa: järjestäytymiseen sekä kolmeen pidempään istuntoon, jotka kestävät 3-8 tuntia. Aikataulu (palautuspäivät ja kokoontumiset lihavoitu):

Harvoista kokoontumisista huolimatta seminaari vaatii osallistujilta aktiivista työskentelyä joulukuun alkuun asti. Harvoista kokoontumisista johtuen seminaari edellyttää osallistujilta itsenäisyyttä ja omatoimisuutta.

Seminaarin suorittaminen

Seminaari suoritetaan osallistumalla aktiivisesti seminaarin työskentelyyn: työskentelymuotoja ovat tieteelliseen lähdemateriaaliin perehtyminen, raportin kirjoittaminen ja esitelmän pitäminen, toisten osallistujien raporttien lukeminen ja arviointi sekä esitelmien aktiivinen seuraaminen.

Arvostelu perustuu omaan kirjalliseen raporttiin (1/3), omaan suulliseen esitykseen (1/3), sekä toisten raporttien kommentointiin ja muuhun aktiivisuuteen (1/3).

Hyödyllistä materiaalia

Seminaarin vetäjä

Prof. Hannu Toivonen, Helsingin yliopisto