Tiedon louhinta biomolekyyliaineistoista (2 ov) (seminaari syksy 03)
Tämä sivu: http://www.cs.helsinki.fi/hannu.toivonen/teaching/seminaariS03/
Seminaari toimii konferenssin tapaan: katso alta kohta seminaarin toiminta! Seminaarin kokoontumiset:
- ma 15.9. 14-16, A318: järjestäytyminen
- ma 20.10. 13-16, A318: raporttien palautus ja töiden lyhyet esittelyt
- ma 1.12. 9-17: seminaariesitelmät I/II, A121, Chemicum, Kumpula
- ti 2.12. 9-17: seminaariesitelmät II/II, A121, Chemicum, Kumpula
- Ylimääräinen kokoontuminen ma 8.12. klo 14-16, B453, TKTL
Palautelomake (Laudatur -> Tiedon louhinta biomolekyyliaineistosta)!
Seminaarin aihepiiri
Biomolekyyliaineistojen (DNA, RNA) analysointi ja hyödyntäminen on yksi nykyaikaisen biologian tärkeistä tutkimuskohteista. Seminaarissa käsitellään hahmojen etsimistä biomolekyyliaineistoista: algoritmeja, menetelmiä ja työkalujakin. Seminaari keskittyy tietojenkäsittelyyn, biologiaa vain sivutaan.
Seminaarin materiaalina käytetään kirjaa Pattern Discovery in Biomolecular Data: Tools, Techniques, and Applications, (edited by Jason T. L. Wang, Bruce A. Shapiro, and Dennis Shasha) sekä alkuperäisartikkeleita. Kirjaa ei tarvitse hankkia seminaaria varten.
Esitiedot
Osallistujilta edellytetään tieteellisen kirjoittamisen kurssin suorittamista. Hyödyllisiä kursseja seminaaria varten ovat mm. tietämyksen muodostaminen, koneoppiminen, merkkijonomenetelmät sekä algoritmien suunnittelu ja analyysi. Molekyylibiologian tuntemisesta on toki apua, mutta taustatietoja siitä ei oleteta.
Seminaariin valitaan maks. 12 osallistujaa opintojen edistymisen ja fokuksen perusteella.
Seminaarin toiminta
Seminaarin toiminta matkii tieteellisiä konferensseja. Kukin osallistuja laatii aiheestaan alkusyksyn aikana raportin ("artikkelin"), joka palautetaan seminaarin ("konferenssin") järjestäjälle. Toiset seminaarin osallistujat ("ohjelmatoimikunta") arvioivat raportin ja antavat niistä palautetta, jonka perusteella tekijä muokkaa raportin lopulliseen muotoonsa. Seminaari ("konferenssi") kokoontuu lopulta kaksipäiväisenä, ja kukin osallistuja pitää esitelmän. Viimeistellyt raportit kootaan yhteen ("konferenssijulkaisuksi") ennen kokoontumista ja jaetaan osallistujille sitä ennen tutustumista varten.
Seminaari siis kokoontuu poikkeuksellisesti vain neljä kertaa: järjestäytymiseen sekä kolmeen pidempään istuntoon, jotka kestävät 3-8 tuntia. Aikataulu (palautuspäivät ja kokoontumiset lihavoitu):
- ma 15.9. 14-16, A318: järjestäytyminen
- 15.9.-30.9.: lähdemateriaalin valinta ja siihen tutustuminen, esitelmän rungon valmistelu
- ke 1.10.: raporttisuunnitelman palautus: lähteet, jäsentely (sähköpostitse Hannulle)
- 2.-19.10: raportin kirjoittaminen (malli_kasikirjoitus.pdf, malli_kasikirjoitus.tex)
- ma 20.10. 13-16, A318: raporttien palautus ja töiden lyhyet esittelyt (raportti neljänä kopiona, esittely 10 min/pari kalvoa)
- 20.10.-28.10.: kolmen muun osallistujan raportin arviointi (arviolomake.txt)
- ke 29.10. klo 12 mennessä: arvioiden palautus (sähköpostitse tekijälle ja Hannulle)
- 29.10.-13.11.: raportin viimeistely arvioiden perusteella (malli_valmis.pdf, malli_valmis.tex)
- ti 11.11. klo 15 mennessä: lopullisen otsikon ja sivumäärän ilmoittaminen Hannulle
- pe 14.11.: lopullisen raportin palautus (sähköisesti (pdf tai ps) ja mielellään yksipuolisesti paperilla Hannulle) sekä lyhyt kuvaus raporttiin tehdyistä muutoksista arvoijille ja Hannulle
- 15.-30.11.: suullisen esitelmän valmistelu
- (17.-21.11.: raporttien kokoaminen)
- (pe 21.11.: raporttikokoelma toimitetaan osallistujille)
- 21.-30.11.: muiden osallistujien raportteihin tutustuminen
- ma 1.12. 9-17: seminaariesitelmät I/II (Chemicum A121, Kumpula)
- ti 2.12. 9-17: seminaariesitelmät II/II (Chemicum A121, Kumpula)
Harvoista kokoontumisista huolimatta seminaari vaatii osallistujilta aktiivista työskentelyä joulukuun alkuun asti. Harvoista kokoontumisista johtuen seminaari edellyttää osallistujilta itsenäisyyttä ja omatoimisuutta.
Seminaarin suorittaminen
Seminaari suoritetaan osallistumalla aktiivisesti seminaarin työskentelyyn: työskentelymuotoja ovat tieteelliseen lähdemateriaaliin perehtyminen, raportin kirjoittaminen ja esitelmän pitäminen, toisten osallistujien raporttien lukeminen ja arviointi sekä esitelmien aktiivinen seuraaminen.
Arvostelu perustuu omaan kirjalliseen raporttiin (1/3), omaan suulliseen esitykseen (1/3), sekä toisten raporttien kommentointiin ja muuhun aktiivisuuteen (1/3).
Hyödyllistä materiaalia
Seminaarin vetäjä
Prof. Hannu Toivonen, Helsingin yliopisto
- Email: Hannu Toivonen at cs helsinki fi
- WWW: http://www.cs.helsinki.fi/hannu.toivonen/
- Tavattavissa huoneessa A402 vastaanottoaikoina sekä sähköpostitse.