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Contents and notation


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Chapter 1. Molecular biology and high-throughput sequencing


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Chapter 2. Algorithm design


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Chapter 3. Data structures


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Chapter 4. Graphs


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Chapter 5. Network flows


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Chapter 6. Alignments


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Chapter 7. Hidden Markov models (HMMs)


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Chapter 8. Classical indexes


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Chapter 9. Burrows-Wheeler indexes


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Chapter 10. Read alignment


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Chapter 11. Genome analysis and comparison


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Chapter 12. Genome compression


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Chapter 13. Fragment assembly


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Chapter 14. Genomics


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Chapter 15. Transcriptomics


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Chapter 16. Metagenomics


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